Алексей Иванович родился в 1908 г. в г. Нолинске Вятской губернии в семье служащего. Закончив среднюю школу, поступил в Кировский государственный педагогически институт им. В.И. Ленина на химико-биологическое отделение. После окончания учебы в институте работал в школе учителем биологии, а затем директором средней школы № 22 г. Кирова.
В марте 1942 года Шабалин был призван был призван на фронт в качестве военного фельдшера. В том же году получил контузию, однако после выздоровления сразу вернулся в боевой строй.
Служил в 5-й танковой армии Донского фронта, а затем в 3-й гвардейской армии, входившей в состав IV Украинского, а затем I Украинского фронтов.
Из воспоминаний Шабалина Алексея Ивановича о Сталинградской битве:
«Это были незабываемые дни и ночи борьбы с полной отдачей всех физических и моральных сил. Трудно забыть непрерывный шквал огня, бомбежки, рейды танков и мотопехоты. Помнится, что г. Чернышевск за одни сутки несколько раз переходил из рук в руки. В этих боях погибла полностью санрота 437-го полка во главе с врачом Дмитриенко из Москвы. В таких тяжелых, часто меняющихся условиях, работали медики, спасая жизнь раненых бойцов. Трудность заключалась также в том, что голые сталинградские степи не создавали естественных укрытий, брезентовые палатки и землянки легко обнаруживались врагом. Почти совсем не было и топлива.
В момент кульминационных боев мне с группой медиков пришлось быть на острие наступления наших частей, в непосредственном соприкосновении с противником.
За успешные боевые действия 47-й стрелковой дивизии было присвоено звание гвардейской. А я тогда получил самую дорогую для меня награду – «За отвагу». Много горя было в эти дни, но все торжествовали и радовались победе над врагом на Волге».
Закончил войну Алексей Иванович в должности военного врача. Участвовал в освобождении не только своей родной страны, но и Польши, Германии, Чехословакии.
После мобилизации Шабалин вернулся в родной КГПИ старшим преподавателем, деканом факультета естествознания. Около 30 лет продолжалась его научно-исследовательская и педагогическая деятельность в институте. За заслуги в области народного образования награжден значком «Отличник народного просвещения».
Кроме медали «За отвагу» Алексей Иванович награжден Орденом Красной Звезды медали «За взятие Будапешта», «За освобождение Праги», «За Победу над Германией в Великой Отечественной войне» и другими.